- a -

• angDistDegQuaternions() : gen
• assignPolygonType() : ring
• assignPrismType() : ring
• atomInSlice() : sinp
• atomsFromCages() : tum3
• atomsInSingleSlice() : gen
• averageRMSDatom() : tum3
• avgVector() : gen

- b -

• basalConditions() : ring
• basalNeighbours() : ring
• basalPrismConditions() : prism3 , ring
• basalRingsSeparation() : prism3
• buildRefDDC() : tum3
• buildRefHC() : tum3
• bulkPolygonRingAnalysis() : ring

- c -

• calcCoverageArea() : topoparam
• calcMatrixN() : absor
• calcMatrixS() : absor
• calcMedian() : gen
• calcScaleFactor() : absor
• centerWRTcentroid() : absor
• changeDiaCageOrder() : pntToPnt
• changeHexCageOrder() : pntToPnt
• clearGraph() : primitive
• clearNeighbourList() : nneigh
• clearPointCloud() : molSys
• clearRingList() : ring
• clusterAnalysis() : clump
• clusterCages() : tum3
• commonElementsInThreeRings() : ring
• compareByAtomID() : gen
• compareRings() : ring
• conditionOneDDC() : ring
• conditionThreeDDC() : ring
• conditionTwoDDC() : ring
• countAllRingsFromIndex() : primitive
• createBondsFromCages() : bond
• createIDMolIDmap() : molSys
• createMolIDAtomIDMultiMap() : molSys
• createPrismBlock() : pntToPnt

- d -

• deformedPrismTypes() : ring
• discardExtraTetragonBlocks() : ring
• distance() : gen

- e -

• eigenVecAngle() : gen

- f -

• file_exists() : gen
• fillPointSetPrismBlock() : pntToPnt
• fillPointSetPrismRing() : pntToPnt
• findBulkPrisms() : prism3
• findDDC() : ring
• findHC() : ring
• findMixedRings() : ring
• findPrismatic() : ring
• findPrisms() : ring
• findRings() : primitive
• findsCommonElements() : ring
• findTripletInRing() : ring

- g -

• getAtomTypesTopoBulk() : ring
• getAverageWithoutOutliers() : gen
• getAvgHeightPrismBlock() : pntToPnt
• getCorrel() : chill
• getCorrelPlus() : chill
• getEdgeMoleculesInRings() : ring
• getHbondDistanceOH() : bond
• getIceType() : chill
• getIceTypeNoPrint() : chill
• getIceTypePlus() : chill
• getInpFileList() : sinp
• getNewNeighbourListByIndex() : nneigh
• getPlaneArea() : rdf2
• getPointCloudOneAtomType() : gen
• getPointSetCage() : pntToPnt
• getPointSetRefRing() : pntToPnt
• getq6() : chill
• getRadiusFromRings() : pntToPnt
• getRMSD() : absor
• getSingleRingSize() : ring
• getStrucNumbers() : ring
• getSystemLengths() : rdf2

- h -

• halfNeighList() : nneigh
• hasCommonElements() : ring
• hAtomMolList() : molSys
• hornAbsOrientation() : absor

- i -

• isDirExist() : sout
• isInterfacial() : chill

- k -

• keepAxialRingsOnly() : ring

- l -

• largestIceCluster() : clump
• lookupTableQ3() : sph
• lookupTableQ3Vec() : sph
• lookupTableQ6() : sph
• lookupTableQ6Vec() : sph

- m -

• makePath() : sout
• matchPrism() : match
• matchPrismBlock() : match
• matchUntetheredPrism() : match
• moleculesInSingleSlice() : gen

- n -

• neighbourListByIndex() : nneigh
• neighList() : nneigh
• neighListO() : nneigh
• normalizeRDF() : rdf2
• normHeightPercent() : topoparam
• notNeighboursOfRing() : ring
• numStaggered() : chill

- p -

• periodicDist() : gen
• polygonRingAnalysis() : ring
• populateBonds() : bond
• populateGraphFromIndices() : primitive
• populateGraphFromNListID() : primitive
• populateHbonds() : bond
• populateHbondsWithInputClouds() : bond
• prettyPrintYoda() : gen
• printIceType() : chill
• printRDF() : sout
• printSliceGetEdgeMoleculesInRings() : ring
• prismAnalysis() : ring
• projAreaSingleRing() : topoparam

- q -

• quat2RotMatrix() : absor

- r -

• radDeg() : gen
• radialCoord() : sph
• rdf2Danalysis_AA() : rdf2
• readBonds() : sinp
• readLammpsTrj() : sinp
• readLammpsTrjO() : sinp
• readLammpsTrjreduced() : sinp
• readXYZ() : sinp
• recenterClusterCloud() : clump
• reclassifyWater() : chill
• relaxedPrismConditions() : prism3 , ring
• relDist() : gen
• relOrderDDC() : pntToPnt
• relOrderHC() : pntToPnt
• relOrderPrismBlock() : pntToPnt
• removeNonSPrings() : primitive
• restoreEdgesFromIndices() : primitive
• ringNetwork() : primitive
• rmAxialTranslations() : ring

- s -

• sampleRDF_AA() : rdf2
• searchMolList() : molSys
• setAtomsWithSameMolID() : gen
• shapeMatchDDC() : tum3
• shapeMatchHC() : tum3
• shortestPath() : primitive
• singleClusterLinkedList() : clump
• spheriHarmo() : sph

- t -

• tokenizer() : gen
• tokenizerDouble() : gen
• tokenizerInt() : gen
• topoBulkAnalysis() : ring
• topoBulkCriteria() : tum3
• topoUnitMatchingBulk() : tum3
• trimBonds() : bond

- u -

• unwrappedCoordShift() : gen
• unWrappedDistFromPoint() : gen
• updatePerAtomRMSDRing() : match
• updateRMSDatom() : tum3
• updateRMSDRing() : match

- w -

• writeAllCages() : sout
• writeBasalRingsHex() : sout
• writeBasalRingsPrism() : sout
• writeCluster() : sout
• writeClusterStats() : sout
• writeDump() : sout
• writeEachCage() : sout
• writeHisto() : sout
• writeLAMMPSdata() : sout
• writeLAMMPSdataAllPrisms() : sout
• writeLAMMPSdataAllRings() : sout
• writeLAMMPSdataCages() : sout
• writeLAMMPSdataPrisms() : sout
• writeLAMMPSdataTopoBulk() : sout
• writeLAMMPSdumpCages() : sout
• writeLAMMPSdumpINT() : sout
• writeLAMMPSdumpSlice() : sout
• writeMoleculeIDsExpressionSelectOVITO() : sout
• writeMoleculeIDsInSlice() : sout
• writePrismNum() : sout
• writePrisms() : sout
• writeRingNum() : sout
• writeRingNumBulk() : sout
• writeRings() : sout
• writeTopoBulkData() : sout
• writeXYZcluster() : sout